Come veniva controllato l'NF-104A quando i timoni non servivano più?

Nell'aria rarefatta dell'alta stratosfera, le superfici di controllo convenzionali dell'aereo avevano poco o nessun effetto. Durante l'arco parabolico il pilota provava "assenza di peso" per circa un minuto e usava la leva laterale per azionare i razzi di controllo a reazione e governare i movimenti di beccheggio, rollio e imbardata dell'aereo.

Il sistema di controllo a reazione era formato da otto propulsori di beccheggio/imbardata, quattro per ogni asse, e quattro propulsori di rollio. Questi propulsori si trovavano nel muso e in ogni estremità alare. Impiegavano lo stesso tipo di combustibile a perossido di idrogeno del motore a razzo principale, alimentati da un serbatoio dedicato di 155 lb (70 kg).

Il pilota azionava questi propulsori tramite un'impugnatura montata sul pannello degli strumenti. La cabina disponeva quindi di un comando manuale per azionare i propulsori di controllo a reazione. Con la leva laterale si controllavano beccheggio, rollio e imbardata.